ระบบก๊าซกวนผสม คือ ระบบที่ใช้ปั๊มเข้ามามีส่วนช่วยในระบบเพื่อให้เกิดการกวนผสมโดยสมบูรณ์ มีการใช้ปั๊มแบบใบมีดตัด (Chopper Pump) เป็นตัวกลางระหว่างการจัดการกับกากตะกอน และใช้แรงดันให้เกิดการไหลของของเหลวภายในถังปฏิกรณ์นี้ โดยหลักการของระบบก๊าซกวนผสม (Gas Mixing System) ที่ใช้ปั๊มแบบใบมีดตัด (Chopper Pump) เริ่มจากการที่ปั๊มจะดูดกากตะกอนขนาดใหญ่ที่ลอยตัวอยู่ข้างบนลงมาเข้าปั๊ม เพื่อให้เกิดการย่อยด้วยใบมีดจากนั้นถูกดูดขึ้นไปผสมกับก๊าซชีวภาพ ผ่านหัวฉีดพ่นออกไปในทิศทางตรงที่แรงพอจะทำให้เกิดการกวนผสมของของเสีย จากนั้นตะกอนจะมีขนาดเล็กลงทำให้ด้านบนของบ่อหมักนั้น มีช่องว่างให้แก๊สลอยตัวขึ้นไปที่ผ้าใบสามารถเก็บแก๊สมากขึ้น
การใช้ปั๊มใบมีดแบบตัด (Chopper Pump) จะทำให้ปัญหาใบกวนหักที่เกิดจากการตัดกากตะกอนขนาดใหญ่ที่พบในระบบหายไป ดังนั้น จึงเหมาะกับโรงงาน หรืออุตสาหกรรมที่มีของเสียทางการเกษตรเป็นจำนวนมาก หรือต้องการทำถังหมักเพื่อผลิตก๊าซชีวภาพ (Biogas) ที่สามารถนำไปใช้เป็นพลังงานทดแทนต่อไป