การผลิตไบโอแก๊ส (BIOGAS) เป็นที่นิยมในโรงงานผลิตน้ำมันปาล์ม ฟาร์มปศุสัตว์ โรงงานอุตสาหกรรม ขยะและของเหลือใช้ทางการเกษตร โดยโรงงานส่วนใหญ่นิยมใช้เป็นแบบระบบบ่อปิด (Covered Lagoon)
ระบบบ่อปิด (Covered Lagoon) คือ การขุดบ่อเพื่อกักเก็บน้ำเสีย แล้วคลุมด้วยพลาสติกแบบโพลีเอทิลีน (HDPE) หรือ โพลีไวนิลคลอไรด์ (PVC) เพื่อให้เกิดเป็นบ่อหมักแก๊สระบบปิด ที่จะคลุมทั้งบ่อ หรือคลุมเฉพาะส่วนที่เกิดเป็นแก๊สมีเทนก็ได้ ที่พื้นบ่อจะทำการปูพื้นยางเพื่อกันของเสียซึมลงสู่พื้นดิน ไม่ทำให้หน้าดินเสียหาย และไม่เกิดเป็นกลิ่นไม่พึงประสงค์
แต่การทำระบบบ่อปิด มักเกิดอันตรายจากแก๊สระเบิด เพราะพลาสติกที่คลุมไม่ได้ผลิตมาเพื่อกักเก็บแก๊ส จึงทำให้ไม่ปลอดภัย และเกิดอันตราย ดังนั้นการทำระบบบ่อปิดจึงอาจจะไม่ใช่ทางเลือกที่ดีนักในการผลิตไบโอแก๊ส (BIOGAS)